โคตรเพชฌฆาต สร้างจากเรื่องจริง ที่เกิดขึ้นที่จังหวัดชุมพร เมื่อปี พ.ศ. 2507... บ่ายวันหนึ่งเมื่อ "นรินทร์" นายตำรวจหนุ่มประจำ สภอ. บางมุด อำเภอหลังสวน จังหวัดชุมพร ออกตามหาชายคนหนึ่งที่หายไปอย่างไร้ร่องรอย โดยชาวบ้านต่างพากัน โจษขานและเชื่อกันว่าเป็นฝีมือจระเข้ ที่อาศัยอยู่ในคลองบางมุด คลองซึ่งเป็น สายน้ำหลักและเปรียบเสมือนวิถีชีวิตชาวบางมุด ซึ่งนรินทร์ยังไม่ปักใจ เชื่อว่าเป็นฝีมือของจระเข้ แต่... หลังจากนั้นไม่นานก็เกิดเหตุการณ์ซ้ำๆ สร้างความหวาดกลัวไปทั่วทั้งจังหวัด
จน "พิกุล" และ "การะเกด" อนามัยตำบล ต้องสั่งให้ชาวบ้านระวังตัว จนวันหนึ่ง... ณ คลองบางมุด มีชาวบ้านก็ได้พบเห็นจระเข้จริงๆ และสิ่งที่ทำให้ชาวบ้านสะพรึงกลัว และร่ำลือกันมากยิ่งขึ้น คือ ความใหญ่โตของมัน รวมไปถึงลำตัวเจ้าจระเข้ ที่มีรอยด่าง และที่สำคัญมันยังอาศัยอยู่ในลำคลอง ดังนั้น... ทั้งนายอำเภอ ผู้ใหญ่บ้าน และกำนัน จึงเกณท์ลูกบ้านเพื่อออกจัดการกับเจ้าจระเข้ตัวนี้ แต่จนแล้วจนรอดก็ไม่มีใครสามารถจัดการกับมันได้
จนเมือ "จำนง" นายทหารประจำหน่วยรบชุมพร กลับมาจากราชการ ถูกผู้ใหญ่ขอร้อง ให้ทางทหารช่วยจัดการปราบจระเข้ตัวนี้ เขาจึงร่วมมือกับนรินทร์และ ชาวบ้าน ออกตามล่าเพื่อปราบเจ้าจระเข้ยักษ์ ในระหว่างนั้นเองเขาและทีม นักล่าได้พบอุปสรรคต่างๆมากมาย ทั้งความขัดแย้งทางราชการและ ความยากลำบากในการปราบเจ้าจระเข้ และในที่สุดพวกเขา ก็ทำสำเร็จ และหลังจากที่จัดการกับจระเข้ได้สำเร็จ จำนงและนรินทร์ ต้องตกอยู่ ในสภาพตะลึงอีกครั้ง เมื่อพวกเขาเพิ่งได้รู้ว่า "จระเข้ไม่ได้มีเพียง แค่ตัวเดียว และ...ไอ้ด่างยังไม่ตาย"
