ปี 2012 หลังจากการผจญภัยในโลกดิจิทัลผ่านไป 10 ปี จู่ ๆ ก็มีดิจิทามะขนาดยักษ์ปรากฏขึ้นบนท้องฟ้าเหนือโตเกียวทาวเวอร์ พร้อมกับข้อความหนึ่งที่ปรากฏขึ้นทั่วโลก คือ "มอบเพื่อนให้กับทุกคน ส่งดิจิมอนให้กับคนทั้งโลก"
ไดสุเกะ และเพื่อน ๆ กำลังรวมตัวกันอยู่ที่ร้านราเม็ง เห็นข่าวในทีวีว่ามีชายหนุ่มคนหนึ่งกำลังปีนโตเกียวทาวเวอร์ ในมือมีดิจิไวซ์ พวกไดสุเกะจึงตามไป และได้พบกับ รุย ซึ่งบอกว่า เขาคือมนุษย์คนแรกที่ผูกสายสัมพันธ์กับดิจิมอน แต่ตอนนี้เขาไม่มีดิจิมอนอยู่ด้วย เพราะรุยเชื่อว่ามนุษย์กับดิจิมอนไม่ควรพบกัน เป็นเพราะเหตุการณ์ในอดีตที่เกิดขึ้นเมื่อ15 ปีก่อน
รุย เด็กชายอายุ 4 ปี ได้พบกับดิจิมอน ชื่อ อุ๊กโกะมอน ในวันเกิดของเขา อุ๊กโกะมอนสัญญาว่าจะเป็นเพื่อน คอยดูแลและปกป้องรุย ช่วยทำให้รุยมีเพื่อนเยอะ ๆ แต่ต่อมารุยก็พบว่าสิ่งที่อุ๊กโกะมอนบันดาลให้ไม่ใช่สิ่งที่เขาต้องการ รุยจึงตัดสินใจทำให้อุ๊กโกะมอนหายไป
และตอนนี้อุ๊กโกะมอนก็ได้กลับมาอีกครั้งเพื่อทำตามสัญญาในวันเกิดของรุย นั่นคือ บังคับให้มนุษย์ทุกคนบนโลกผูกสัมพันธ์กับดิจิมอน จะเกิดอะไรขึ้นเมื่อคำสัญญาที่ให้ไว้ในอดีต ได้รับการสืบทอดผ่านกาลเวลา ซึ่งเกี่ยวข้องกับพวกไดสุเกะ และเด็กผู้ถูกเลือกคนอื่น ๆ ทั่วโลก
ไดสุเกะและเพื่อน ๆ รวมทั้งดิจิมอนคู่หู จึงต้องรวมพลังกันเพื่อจัดการเรื่องนี้ให้เรียบร้อย โดยมีสายสัมพันธ์ของพวกเขากับดิจิมอนคู่หูเป็นเดิมพัน
