ศักราชอวกาศที่ 0123 ณ ห้วงอวกาศใกล้กับเขตดาวพฤหัสบดีที่ห่างไกลจากหูตาของสหพันธ์โลก จักรวรรดิคอสโมบาบิโลเนียที่ศรัทธาในระบบขุนนางได้เริ่มตั้งตนเป็นใหญ่ และนำกองกำลังครอสโบนแวนการ์ดบุกเข้ายึดครองโคโลนี่ในท้องถิ่นและมีเป้าหมายต่อไปของกองกำลังครอสโบนแวนการ์ดก็คือ โคโลนี่ ฟรอนเทียร์โฟร์ การบุกโจมตีทำให้ นักศึกษาด้านวิศวกรรมอย่าง ซีบุ๊ค อาโน กับ เซซิลี่ แฟร์ไชลด์ ต้องหนีเอาตัวรอด แต่กลายเป็นว่าทหารของครอสโบนแวนการ์ดบุกมาพบตัว เซซิลี พร้อมทั้งเปิดเผยความจริงว่า เธอคือ เบร่า โรน่า หนึ่งในทายาทคนสำคัญของจักรวรรดิคอสโมบาบิโลเนีย เหตุการณ์ยังนำพาให้ ซีบุ๊ค ได้ขึ้นไปอยู่บนยานรบของกองทัพโลกที่รับรู้ว่าเขาเป็น "นิวไทป์" ที่หาได้ยากทั้งยังมีทักษะในการขับโมบิลสูท
ทหารของสหพันธ์โลกที่จนแต้ม จึงใช้เพื่อนกับน้องสาวของซีบุ๊คเป็นตัวประกัน เด็กหนุ่มจึงได้ขึ้นกับ กันดั้ม F91 เข้าต่อสู้กับกองทัพครอสโบนแวนการ์ด แต่สิ่งที่ ซีบุ๊ค คาดไม่ถึงก็คือ เซซิลี่ เองก็เดินทางเข้าสู่สนามรบเช่นกัน แล้วกันดั้ม F91 จะนำพาสงครามในเขตดาวพฤหัสบดีไปยังทิศทางใดกันแน่