เมื่อ 15 ปีที่แล้วการทดลองทางวิทยาศาสตร์ที่ผิดพลาดได้ให้กำเนิดสายพันธุ์วานรสติปัญญาสูงขึ้นมา พร้อมกับไวรัสที่เกือบทำลายล้างมนุษยชาติ ไวรัสไข้หวัดลิง (Simian Flu) ได้นำมนุษย์มาเกือบถึงกาลอวสาน ผู้รอดชีวิตเพียงไม่กี่รายซึ่งมีภูมิต้านทานไวรัสต้องใช้ชีวิตอย่างแร้นแค้น ขณะที่เหล่าวานรครองความยิ่งใหญ่ในพื้นที่ป่าอันปลอดภัยทางตอนเหนือของซานฟรานซิสโก
ในรุ่งอรุณของความเจริญทางอารยธรรม ชุมชนวานรรุ่งเรืองขึ้นโดยปราศจากการติดต่อกับมนุษย์ จนกระทั่งพวกมันถูกค้นพบโดยผู้รอดชีวิตกลุ่มเล็ก ๆ ที่กำลังดิ้นรนสร้างอาณานิคมใหม่ของตัวเอง ชาวอาณานิคมและเหล่าวานรต่างพยายามอยู่ร่วมกันให้ได้ แต่สันติภาพอันเปราะบางระหว่างสองฝ่ายก็ได้ถูกทำลายลงโดย โคบา (โทบี้ เค็บเบล) วานรซึ่งต้องการแก้แค้นมนุษย์ที่เคยคุมขังมันเอาไว้ ซีซาร์ (แอนดี้ เซอร์คิส) จ่าฝูงของพวกวานร พยายามนำเอาความสงบกลับคืนมา แต่ไม่มีทางให้หวนกลับเมื่อการต่อสู้อันโหดเหี้ยมได้เปิดฉากไปแล้ว
ชาวอาณานิคมซึ่งถูกล้อมเอาไว้ส่งสัญญาณขอความช่วยเหลือออกไป โดยไม่แน่ใจว่ามีมนุษย์อยู่ภายนอกที่จะได้ยินสัญญาณบ้างหรือเปล่า สัญญาณนี้ไปถึงฐานลูอิส-แม็คคอร์ดที่ซึ่งทหารหลายร้อยนายมาลี้ภัยอยู่หลังเกิดเหตุไวรัสระบาด ทหารชายหญิงเหล่านี้เป็นกำลังพลทั้งหมดที่เหลืออยู่ของกองทัพสหรัฐ เมื่อได้รับสัญญาณ กองทหารที่แข็งแกร่งของผู้พันเหรียญกล้าหาญแห่งกองกำลังพิเศษจึงถูกส่งมาร่วมการต่อสู้ด้วย ซีซาร์ และเหล่าวานรถอนกำลังกลับไปยังเขตป่า แต่กองกำลังฝ่ายมนุษย์ก็ติดตามไปด้วยหวังจะกำจัดเหล่าวานรให้สิ้นซาก ตลอดสองปีเหล่าทหารคว้าน้ำเหลวในการออกค้นหา ซีซาร์ โดยมีข่าวลือว่า ซีซาร์ บัญชาการฝูงวานรอยู่ในฐานลับที่ซ่อนตัวอยู่ลึกเข้าไปในป่า สงครามยังคงลุกลามต่อไป
