คดีเฉพาะกิจเปิดฉากขึ้นจากอัญมณีที่คนทั้งโลกต้องการครอบครองถูกขโมยเป็นเหตุให้จอมโจรลูแปงและโคนันต้องเผชิญหน้ากันอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ จุดประสงค์ของลูแปงคืออะไรกันแน่!? แล้วโคนันจะหยุดแผนการนั้นได้หรือไม่!? ร่วมสัมผัสกับที่สุดแห่งแอนิเมชั่นแนวสืบสวน และการไขคดีคนหาความจริงเพียงหนึ่งเดียว ที่นำไปสู่ชะตากรรมครั้งยิ่งใหญ่ที่สุดแห่งศตวรรษ! ในโคนันภาคพิเศษนี้!
ในค่ำคืนอันไร้แสงจันทร์ จดหมายเตือนได้ถูกส่งไปถึงตำรวจ ขอรับเชอร์รี่แซไฟร์ที่เก็บรักษาไว้ในธนาคารเมืองเบกะไป!! และผู้ส่งจดหมายเตือนนั่นคือจอมโจรลูแปงที่ 3 ก่อให้เกิดความแตกตื่นโกลาหล และตำรวจก็ได้มีการวางกองกำลังอย่างหนาแน่น แต่ลูแปงที่ 3 ก็สามารถเอาเชอรี่แซฟไฟร์ไปได้ และก็ถูกชิงไปด้วยข้อตกลงบางอย่าง ในขณะเดียวกัน ไอดอลต่างประเทศชื่อดังเอมิลิโอ้ได้เดินทางมาที่ญี่ปุ่นเพื่อจัดคอนเสิร์ต แก๊งนักสืบจิ๋วตื่นเต้นและติดตามการมาของไอดอลแบบชนิดติดขอบจอ ระหว่างที่เดินทางมานั้นก็ได้เกิดคดีขมขู่ขึ้นว่า หากไม่ยกเลิกคอนเสิร์ตจะมีอันตรายถึงชีวิต
ประจวบกับโคนันได้รับเบาะแสว่าจะมีการส่งมอบเชอรี่แซฟไฟร์ในวันงานคอนเสิร์ต โคนัน และ ลูแปง จึงเข้าไปในงานคอนเสิร์ตเพื่อปฏิบัติภารกิจของตน คดีใหญ่อุบัติขึ้นเกี่ยวพันถึงสมบัติที่นำพาทั้ง 2 คนที่เป็นดั่งเส้นขนานได้มาประจันหน้ากัน จุดประสงค์ของลูแปงคืออะไรกันแน่!? แล้วโคนันจะหยุดลูแปงที่ 3 ได้หรือไม่!? ศึกตัดสินผลแพ้ชนะสุดโฉดเกี่ยวถึงอันตรายต่อประเทศได้เปิดฉากขึ้นแล้ว
เข้าฉายเฉพาะโรงภาพยนตร์ เครือ SF Cinema เท่านั้น