เรื่องราวเมื่อ 16 ปีที่แล้ว ชายสวมหน้ากากในนามว่า โทบิ ได้ปลดปล่อยปิศาจจิ้งจอกเก้าหางออกมารุกรานหมู่บ้านโคโนฮะ แต่ นามิคาเสะ มินาโตะ (โทชิยูกิ โมริกาวะ) ผู้นำหมู่บ้านและ อุซึมากิ คุชินะ (เอมิ ชิโนฮาระ) ภรรยาของเขาสามารถกำราบได้สำเร็จ โดยผนึกพลังของจิ้งจอกเก้าหางไว้ในร่างของลูกชายนามว่า อุซึมากิ นารูโตะ (ทาเคอุจิ จุนโกะ)
ปัจจุบัน ชาวบ้านต่างอยู่เย็นเป็นสุข แต่ความสงบสุขก็ถูกทำลายเมื่อมีองค์กรนินจาลึกลับนามว่า แสงอุษา ได้บุกโจมตีหมู่บ้านโคโนฮะ นารูโตะ ตกตะลึงว่าทำไมองค์กรแสงอุษาจึงกลับมาทั้งที่พวกเขาน่าจะตายไปนานแล้ว ขณะเดียวกันชายสวมหน้ากากก็ใช้คาถาลึกลับทำร้าย นารูโตะ และ ซากุระ (นากามูระ ชิ) แล้วส่งพวกเขาไปอยู่ในโลกอีกมิติหนึ่งที่ผองเพื่อนและบรรดาอาจารย์ของพวกเขา ได้เปลี่ยนไปยังกะคนละคน ซาสึเกะกลายเป็นหนุ่มเพลย์บอย ฮินาตะกลายเป็นสาวมั่นสุดร้อนแรง รวมถึง พ่อแม่ของนารูโตะ ยังมีชีวิตอยู่ และตำนานนินจาโฮคาเงะก็อาจจะเปลี่ยนไปด้วย ความจริงเบื้องหลังของโลกคู่ขนานใบนี้คืออะไร แล้ว นารูโตะ จะปกป้องหมู่บ้านโคโนฮะได้หรือเปล่า
