ในปี 2199 ปีที่มนุษย์ต้องลงไปอยู่ใต้ผืนโลกด้วยผลพวงจากสงครามกับจักรวรรดิกามิลัส และ โลกมีเวลาอีกเพียง 1 ปี เท่านั้นก่อนที่จะแตกสลายไปจากการตกค้างของกัมตภาพรังสี ซึสึมุ โคได (ทาคุยะ คิมูระ) ลูกเรือหนุ่มแห่งยานลาดตระเวณ คอสโม ไทเกอร์ ได้ค้นพบ แคปซูล ที่บรรจุสารสำคัญจากชาวอิสกันดาร์ ที่ได้มอบความหวังในการกู้โลกด้วยเทคโนโลยี คอสโม คลีน แต่ภารกิจครั้งนี้มีเงื่อนไขอยู่ว่า มนุษย์ต้องเดินทางไปเอาเครื่องมือดังกล่าว ที่ดาวอีสกันดาร์ กาแล็คซี่อันโดรแมดา ซึ่งอยู่ห่างไกลจากโลก 148,000 ปีแสง และกลับมาให้ถึงโลกให้ทัน 1 ปีเท่านั้น ก่อนที่โลกอาจจะพังพินาศไป
ชาวโลก จึงตัดสินใจกู้ซากของ ยามาโต้ เรือประจัญบานขนาดยักษ์พร้อมอาวุธพิฆาตของกองทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่นที่ถูก จมอยู่ในท้องทะเลแปซิฟิก ตั้งแต่สมัยสงครามโลกครั้งที่ 2 เพื่อดัดแปลงให้เป็นเรือรบเทคโนโลยีสูงด้วยแปลนที่ได้มาจากแคปซูลของอิสกัน ดาร์ ด้วยความหวังที่ว่าสัญลักษณ์ความกล้าหาญของเรือ ยามาโต้ และ ทีมลูกเรือเลือดใหม่ที่นำทีมโดย ซึสึมุ โคได จะทำให้ความหวังเพียงหนึ่งเดียวของชาวโลกเป็นจริงขึ้นมาได้
