หลังจากพ่ายแพ้แก่ ภูติสางกา (ชูพงษ์ ช่างปรุง) สูญเสียทั้ง 2 บิดา ออกญาสีหเดโช (สันติสุข พรหมศิริ) และ เชอนัง (สรพงษ์ ชาตรี) รวมทั้งบรรดาพี่น้องแห่งชุมโจรผาปีกครุฑ ทุกศาสตร์ยุทธ์ที่ถูกบ่มเพาะฝึกฝนมาทั้งชีวิตของเทียน (ทัชชกร ยีรัมย์) ล้วนถูกทำลายย่อยยับจนหมดสิ้น ต้องโทษฑัณฑ์ถูกทรมานพิการเจียนตาย เหลือเพียงแค่ลมหายใจอันรวยริน ฤาชีวิตทั้งมวลล้วนจบสิ้นลง ดั่งคำทำนาย เมื่อครั้งถือกำเนิด ยามใดจับต้องศาสตรา ชีวิตจักมืดมนต้องโทษทุกข์แสนสาหัส ท่ามกลางบ่วงกรรมที่ยังคงดำเนินเกี่ยวพันสืบเนื่องต่อไป บัดนี้ร่างที่ไร้ชีวิตของบุรุษนักสู้ผู้เป็นตำนานได้รับความช่วยเหลือถูกลำเลียงขนย้ายส่งต่อไปยังหมู่บ้านอโรคยา ที่ในอดีต เทียน และ พิม (พริมรตา เดชอุดม) เคยใช้ชีวิตเติบโตเรียนรู้เรื่องสมุนไพรใบยาบ่มเพาะสมาธิ ซึมซับวิชาโขนนาฏศิลป์ โดยมีเหล่าผู้คนในหมู่บ้านทั้งหมดไม่เว้นแม้แต่เด็กเล็กผู้เฒ่าผู้แก่ หรือกระทั่งคนบ้าที่ไร้สติแต่ไม่เคยมีพิษภัยกับใครอย่าง ไอ้เหม็น (เพ็ชรทาย วงษ์คำเหลา) ก็ต่างมาร่วมกันหลอมจิต
ศรัทธารวมเป็นหนึ่งช่วยกันหล่อพระพุทธรูปอันศักดิ์สิทธิ์ขึ้นเพื่อส่งจิตระลึกให้เทียนฟื้นคืนสติกลับมามีชีวิตอีกครั้ง ขณะที่พิมเองได้นำเอาท่วงท่าการร่ายรำดัดตัวตามรูปแบบของนาฏศิลป์โขนโบราณ มาช่วยในการรักษาบำบัดร่างกายที่เสื่อมสลายโดยมี ครูบัว (นิรุตติ์ ศิริจรรยา) ที่ปัจจุบันกลายเป็นพระบัวเปิดทางให้เทียนได้เริ่มต้นเข้าสู่สมาธิเพื่อฝึกควบคุมร่างกาย กล่อมเกลาสภาวะจิตให้นิ่ง เรียนรู้และต่อสู้กับด้านมืดในใจ เพื่อบรรลุถึงจิตวิญญาณอันบริสุทธิ์ที่หลับใหล หลอมหลวมเข้ากับ พลังศรัทธาอันแรงกล้า จากธาตุธรรมชาติทั้ง 4 ดิน น้ำ ลม ไฟ ผสมผสาน จนก่อเกิดการค้นพบ นาฏยุทธ์ ศาสตร์และศิลปะการต่อสู้อันทรงอานุภาพอย่างที่ไม่เคยปรากฏมาก่อน
ในขณะที่แผนการณ์ต่าง ๆ ของ พระยาราชเสนา (ศรัณยู วงษ์กระจ่าง) ล้วนแต่บรรลุตามความประสงค์แทบทั้งสิ้น โดยมีเป้าหมายหลักคือ การก้าวขึ้นสู่ความเป็น จอมราชันย์ที่พร้อมสยบทุกสิ่ง และแน่นอนว่าเมื่อรวมเหล่านักฆ่ามากฝีมือ และบรรดาไพร่พลที่มีอยู่รายล้อมรอบตัวอันมากมายมหาศาลด้วยแล้ว ภายใต้ผืนนภา และเหนือพื้นพสุธาอันกว้างใหญ่ไพศาลย่อมไร้ซึ่งผู้กล้ารายใดที่คิดจะต่อกร โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อได้ ภูติสางกา ฑูตสังหารที่มาพร้อมกับ ภูติยุทธ์ ศาสตร์การต่อสู้ที่ไร้รูปแบบและร่องรอย อยู่เคียงข้างและรวมเป็นหนึ่งเดียวด้วยแล้ว ดูเหมือนว่าทุกสรรพสิ่งล้วนสยบนิ่งอยู่แทบเท้าเลยทีเดียว
และทันทีที่พระยาราชเสนารู้ว่าบัดนี้เทียนได้รับการชุบชีวิตจากชาวหมู่บ้านคณะโขนด้วยแล้ว คำสั่งเลือดและการระดมเหล่าทหารและขุมกำลังทั้งหมดถูกส่งไปเพื่อทำลายร้างและเข่นฆ่าผู้คนในหมู่บ้านที่เกี่ยวข้องทั้งหมดเกิดขึ้นอย่างทันท่วงที โดยที่ตัวพิมเองถูกทหารจับตัวกลับไปยังพระราชวังเพื่อสำเร็จโทษอาญาคชฑัณฑ์ (ใส่ตะกร้อให้ช้างเตะ) ต่อหน้าหมู่ทาสและกลุ่มประชาชนทั้งหมด
ทำให้เทียนที่บัดนี้กำลังเรียนรู้และก้าวเข้าสู่วิถีสมาธิอันสงบนิ่ง ต้องยอมละตัวเองออกจากดวงจิตอันบริสุทธ์เพื่อเผชิญกับวิบากกรรมและขวากหนามที่เป็นอุปสรรคซึ่งถูกลิขิตไว้อย่างไม่จบสิ้น จากเหล่าอริราชแลศัตรูอันชั่วร้ายที่ยังคงหมายที่จะคร่าเอาชีวิตเทียน ไม่ว่าจะเป็น ภูติสางกา หรือ พระยาราชเสนา เอง ในขณะเดียวกันดูเหมือนว่า ความแค้นและพลังจากด้านมืดในจิตของเทียนเอง ก็พร้อมที่จะถาโถมเข้าครอบงำ ทำลายและทำร้ายเทียนตลอดเวลา ทางเดียวที่จะเอาชนะกรรมที่เริ่มก่อตัวขึ้น นั่นคือต้องเผชิญหน้าและเรียนรู้ที่จะควบคุมและเอาชนะจิตใจตนเองให้ได้
เตรียมพบกับการเผชิญหน้าและศึกการต่อสู้ครั้งสุดท้ายที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในชีวิต กับอภิมหาภาพยนตร์แอ็คชั่นที่คนทั้งโลกรอคอยกับบทสรุปของ องค์บาก 3 จุดกำเนิดขององค์บาก ตำนานการต่อสู้แห่งจิตวิญญาณ หลอมรวมพลังศรัทธาอันมุ่งมั่นที่ไม่เคยดับสูญของบุรุษผู้เกิดมาเพื่อเป็นตำนาน
