ปี 1954 ก็อตซิล่าบุกญี่ปุ่นเป็นครั้งแรก และเผาผลาญโตเกียวจนย่อยยับ เพียงชั่วข้ามคืน ไม่มีอาวุธใด ๆ จะหยุดมันได้ แต่ในที่สุด ดร.เซริซาว่า ได้คิดค้นอาวุธอ็อกซิเจนเดสทรอยเออร์ขึ้น เพื่อจัดการกับก็อตซิล่า แต่ดร.เซริซาว่าเกรงว่า อาวุธที่เขาคิดขึ้น อาจเป็นอาวุธสงครามที่ทำลายมนุษยชาติในอนาคต เขาจึงตัดสินใจตายพร้อมกับปีศาจร้าย นับแต่นั้นมา ก็อตซิล่าจึงกลายเป็นปีศาจร้าย ที่น่ากลัวสำหรับชาวญี่ปุ่น เพื่อปกป้องประเทศ รัฐบาลจึงตั้งหน่วย "เอเอ็มเอ็มที" ขึ้นเป็นหน่วยเฉพาะกิจ ซึ่งติดอาวุธที่ทันสมัย
ปี 1999 หลังจากนั้นครึ่งศตวรรษ "เอเอ็มเอ็มที" ได้บุกไปยังคาบสมุทรโบโซ่ ที่ซึ่งก็อตซิล่าได้ปรากฏตัวขึ้นมาอีกครั้ง แม้ "เอเอ็มเอ็มที" จะมีอาวุธที่ทันสมัย แต่ก็ไม่สามารถต้านทานอานุภาพของก็อตซิล่าได้ อากาเน่ ยาชิโร่ คือทีมงานคนเดียวของ "เอเอ็มเอ็มที" ที่รอดชีวิตมาได้ แต่เธอก็เสียใจ ที่เพื่อนร่วมงานของเธอต้องสละชีวิต
ปี 2003 สี่ปีให้หลัง รัฐบาลญี่ปุ่นได้สร้างหุ่นยนต์ตัวใหม่ขึ้น เมกกะก็อตซิล่า ซึ่งเป็นหุ่นยนต์สมบูรณ์แบบ มีอาวุธครบทุกชนิด รวมถึงปืนที่มีอำนาจสูงสุดในประวัติศาสตร์ ซึ่งสามารถทำลายทุกสิ่งในโลก อากาเน่ - หลังจากที่พบกับเหตุการณ์โศกนาฎกรรมเมื่อ 4 ปีก่อน กลับมาร่วมทีมกับ "เมกกะก็อตซิล่า" อีกครั้ง ในการทดลองควบคุมหุ่นยนต์เมกกะก็อตซิล่า เงาทมึนของก็อตซิล่า ก็โผล่ขึ้นมาอีกครั้งจากมหาสมุทร
สงครามแห่งศตวรรษอุบัติขึ้นอีกครั้ง ระหว่าง ก็อตซิล่า และ เมกกะก็อตซิล่า!
