องค์กรวิทยาศาสตร์โลกค้นพบว่าภายใน 40 ปี ญี่ปุ่นจะจมลงสู่ก้นมหาสมุทรเนื่องจากการปะทะกันของเปลือกโลก นายกรัฐมนตรียามาโมโตะ (โควจิ อิชิซากะ) จึงดำเนินการอพยพพลเมืองออกนอกประเทศโดยเตรียมเจรจาทางการทูตกับรัฐบาลประเทศต่าง ๆ เพื่อถ่ายโอนประชากรทั้งหมดให้ทันภายใน 2-3 ทศวรรษ พร้อมกันนี้ เขาได้แต่งตั้ง ซาโอริ ทากาโมริ (มาโอะ ไดจิ) สมาชิกหญิงคนหนึ่งในคณะรัฐมนตรี ให้เป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการจัดการวิกฤติและป้องกันมหันตภัย
ใต้ท้องมหาสมุทรใกล้เกาะคุค นักขับเรือดำน้ำ โทชิโอะ โอโนเดระ (ซึโยชิ คุซานางิ) กำลังปฏิบัติหน้าที่ภายใต้การบังคับบัญชาของนักวิทยาศาตร์ชื่อ ยูสึเกะ ทาโดโกโร่ (เอ็ตสึชิ โทโยคาวะ) ไม่กี่วันก่อนหน้านั้น โทชิโอะได้ช่วยชีวิตเด็กผู้หญิงชื่อ มิซากิ (มายูโกะ ฟุกุดะ) ไว้จากเหตุการณ์แผ่นดินไหวครั้งใหญ่ โดยได้รับความช่วยเหลืออีกทอดหนึ่งจาก เรโกะ (โคว ชิบาซากิ) สาวนักกู้ภัยผู้กล้าหาญกลายเป็นคนรักเขาในเวลาต่อมา แต่วันนี้หัวหน้าของโทชิโอะได้ค้นพบหลักฐานที่ชี้ว่าการจมลงของญี่ปุ่นจะเกิดเร็วขึ้นกว่าที่คาดกันไว้มาก นั่นก็คือ ภายใน 338.54 วัน!! เขาเตือนให้รัฐบาลรู้ แต่กลับถูกไล่ออก โทษฐานทำให้ผู้คนแตกตื่น
และแล้วเหตุแผ่นดินไหว คลื่นยักษ์ และภูเขาไฟระเบิดก็เกิดขึ้นติดต่อกันอย่างรวดเร็วจนทั่วประเทศตกอยู่ในความตื่นตระหนก ซ้ำร้ายนายกรัฐมนตรียามาโมโตะยังเสียชีวิตกะทันหัน ทิ้งให้คณะรัฐมนตรีเคว้ง ในสภาวะขาดผู้นำเช่นนี้ ซาโอริ ทากาโมริ รู้สึกว่าเธอคือผู้ที่ต้องรับผิดชอบต่อสถานการณ์วิกฤติครั้งนี้ แต่กลับทำอะไรไม่ได้เมื่อตัวเลขผู้เสียชีวิตพุ่งสูงขึ้น และความพยายามอพยพประชากรไม่มีประสิทธิภาพพอ เธอจึงไปปรึกษา ทาโดโกโร่ ผู้เป็นอดีตสามี "บอกฉันหน่อยเถอะว่าเราจะช่วยคน 1,000 คน 100 คน หรืออีกซัก 1 ชีวิตได้ยังไง บอกฉันที ฉันยินดีทำทุกอย่าง"
ทาโดโกโร่เสนอแผนการสุดท้ายเพื่อกอบกู้ประเทศส่วนที่เหลือ นั่นก็คือ เจาะแผ่นดินส่วนที่ลากประเทศให้จมด้วยการระเบิดให้แผ่นดินส่วนนั้นแยกตัวออกไป หลายประเทศต่างร่วมให้ความช่วยเหลือ แต่การสูญเสียระเบิดในทะเลทำให้แผนการนี้ล้มเหลว ขณะเดียวกัน ความผูกพันก็ได้ก่อตัวขึ้นระหว่างโอโนเดระ และ เรโกะ ทั้งคู่รู้สึกว่าต้องช่วยกันดูแลหนูน้อยมิซากิ เมื่อโอโนเดระได้รับข้อเสนอให้ลี้ภัยไปประเทศอังกฤษในฐานะนักวิจัยมหาสมุทร เขาจึงชวนเรโกะไปด้วย แต่เธอปฏิเสธ "ฉันเอาตัวรอดไปคนเดียวไม่ได้หรอก" ทั้งนี้เพราะเธออุทิศทั้งชีวิตให้กับงานช่วยชีวิตเพื่อนมนุษย์
