จอน แอฟเน็ต ได้กำกับ เขียนบทและอำนวยการสร้างภาพยนตร์ และภาพยนตร์ที่แพร่ภาพทางโทรทัศน์กว่า 50 เรื่องตลอดเวลากว่า 25 ปีที่ผ่านมา ตั้งแต่ภาพยนตร์ที่ทำรายได้ถล่มทลายในบ็อกซ์ออฟฟิศอย่าง Risky Business และ Fried Green Tomatoes ไปจนถึงภาพยนตร์ที่ได้รับเสียงวิจารณ์ชื่นชมเรื่อง Uprising และ The Burning Bed ให้กับจอแก้ว ผลงานของเขาได้รับรางวัลหรือได้รับการเสนอชื่อชิงรางวัลออสการ์ เอ็มมี ลูกโลกทองคำและสมาพันธ์ผู้กำกับแห่งอเมริกา รวมไปถึงรางวัลสมาพันธ์มือเขียนบทอเมริกา รางวัลพีบอดี้ รางวัลฮิวแมนิทัส รางวัลโทนีและรางวัลเคเบิลเอซ อวอร์ดหลายครั้ง
แอฟเน็ตได้กำกับ The Starter Wife ซีรีส์หกชั่วโมงทางยูเอสเอ เน็ตเวิร์ค ที่นำแสดงโดยเด็บบรา เมสซิง, โจ แมนเทนกา, มิแรนดา ออตโต้และจูดี้ เดวิส ซีรีส์เรื่องนี้ที่สร้างขึ้นจากนิยายโดยจีจี้ เลอแวงจี้ เกรเซอร์ และกลายเป็นซีรีส์ที่เรตติ้งสูงสุดทางเคเบิล รวมทั้งทำให้จูดี้ เดวิสได้รับรางวัลเอ็มมีสาขานักแสดงสมทบหญิงยอดเยี่ยมในมินิซีรีส์อีกด้วย เขากำกับและอำนวยการสร้างภาพยนตร์เรื่อง 88 Minutes ทริลเลอร์ที่นำแสดงโดยอัล ปาชิโนและจัดจำหน่ายโดยโซนี พิคเจอร์สอีกด้วย
ในแวดวงบรอดเวย์ เขาได้อำนวยการสร้างละครที่ได้รับรางวัลโทนี อวอร์ดเรื่อง Spamalot, The Pillowman และ The History Boys โดยอลัน เบนเน็ตต์ ที่ได้รับหกรางวัลโทนี อวอร์ด รวมถึงรางวัลละครเวทียอดเยี่ยมอีกด้วย แอฟเน็ตทำหน้าที่ผู้อำนวยการสร้างละครเรื่อง Inherit The Wind ที่นำแสดงโดยไบรอัน เดนเนฮีและคริสโตเฟอร์ พลัมเมอร์ และเพิ่งถูกแสดงบนเวทีบรอดเวย์ไปเมื่อไม่นานมานี้ ละครเรื่องนี้ได้รับการเสนอชื่อชิงสี่รางวัลโทนี อวอร์ด รวมถึงสาขาละครที่ถูกนำกลับมาทำใหม่ยอดเยี่ยมด้วย
ในปี 2004 แอฟเน็ตได้อำนวยการสร้างและร่วมสนับสนุนด้านเงินทุนให้กับภาพยนตร์พาราเมาท์โดยออเรลิโอ เดอ ลอเรนทิสเรื่อง Sky Captain and the World of Tomorrow ที่นำแสดงโดยจู๊ด ลอว์, กวินเนธ พัลโทรว์และแองเจลินา โจลี ภาพยนตร์เรื่องนี้ถ่ายทำบนสเตจบลูสกรีนในลอนดอนทั้งหมด และประกอบไปด้วยช็อต CGI 2, 200 ช็อต
ในปี 2002 และ 2003 แอฟเน็ตได้ร่วมกับเกรแฮม ยอสท์อำนวยการสร้างบริหารและกำกับซีรีส์ Boomtown ทางเอ็นบีซี ซีรีส์นี้ได้รับรางวัลพีบอดี้ อวอร์ด รางวัลเอเอฟไอ อวอร์ด รางวัลฮิวแมนิทัส อวอร์ดและรางวัลสมาพันธ์นักวิจารณ์โทรทัศน์สาขาดรามายอดเยี่ยมและดรามาใหม่ยอดเยี่ยม
ในปี 2001 แอฟเน็ตได้กำกับ ร่วมเขียนบทกับพอล บริคแมน และอำนวยการสร้างมินิซีรีส์เรื่อง Uprising ให้กับเอ็นบีซี ซึ่งได้รับเสียงชื่นชมจากนักวิจารณ์ในฐานะซีรีส์เรื่องแรกที่กล่าวถึงขบวนการต่อต้านของชาวยิวระหว่างเหตุการณ์ฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการต่อต้านในค่ายกักกันวอร์ซอว์ ซีรีส์ Uprising ที่นำแสดงโดยลีลี โซบีสกี้, แฮงค์ อาซาเรีย, เดวิด ชวิมเมอร์, จอน วอยต์และโดนัลด์ ซุทเธอร์แลนด์ ได้รับการเสนอชื่อชิงรางวัลลูกโลกทองคำและรางวัลดีจีเอ อวอร์ด และได้รับรางวัลเอเอสซีสาขาการถ่ายภาพและได้รับรางวัลเอ็มมีอีกด้วย นอกเหนือจากนั้น มินิซีรีส์เรื่องนี้ยังทำให้แอฟเน็ตได้รับรางวัลคริสโตเฟอร์ อวอร์ดและรางวัลจานัส คอร์แช็ค เอ็ดดูเคชันแนล อวอร์ดอีกด้วย
ก่อนหน้า Uprising แอฟเน็ตได้กำกับและอำนวยการสร้างภาพยนตร์เรื่อง Red Corner ที่นำแสดงโดยริชาร์ด ให้กับเอ็มจีเอ็ม ภาพยนตร์เรื่องนี้ทำให้เขาได้รับรางวัลฮิวแมน ไรท์จากสมาพันธ์นักวิจารณ์แห่งชาติ นอกจากนี้ เขายังได้กำกับและอำนวยการสร้างภาพยนตร์เรื่อง Up Close and Personal ที่นำแสดงโดยโรเบิร์ต เร้ดฟอร์ดและมิเชล ไฟเฟอร์ให้กับดิสนีย์ ก่อนหน้านี้ เขาได้กำกับ อำนวยการสร้างและร่วมเขียนบทภาพยนตร์ที่ได้รับเสียงวิจารณ์ชื่นชมเรื่อง Fried Green Tomatoes ที่นำแสงโดยเจสสิก้า แทนดี้, เคธี เบทส์, แมรี หลุยส์ ปาร์คเกอร์และแมรี สจวร์ต มาสเตอร์สันให้กับยูนิเวอร์แซล ภาพยนตร์เรื่องนี้ได้รับการเสนอชื่อชิงออสการ์ ลูกโลกทองคำและสมาพันธ์มือเขียนบทในหลายสาขา ผลงานการกำกับเรื่องแรกของเขา (ซึ่งเขาได้ร่วมเขียนบทและอำนวยการสร้าง) คือภาพยนตร์ที่แพร่ภาพทางโทรทัศน์เรื่อง Between Two Women ที่นำแสดงโดยคอลลีน ดิวเฮิร์ตส์และฟาร์ราห์ ฟอว์เซ็ตต์ และทำให้ดิวเฮิร์สต์ได้รับรางวัลเอ็มมีจากการแสดงของเธอ
ในปี 1984 แอฟเน็ตได้อำนวยการสร้างภาพยนตร์โดยพอล บริคแมนเรื่อง Risky Business ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นเส้นทางนักแสดงของทอม ครูซ นอกจากนั้น แอฟเน็ตยังได้อำนวยการสร้างภาพยนตร์เรื่องถัดไปของบริคแมน Men Dont Leave ที่นำแสดงโดยเจสสิก้า เลนจ์, โจอัน คูแซ็ค, อาร์ลิส ฮาวเวิร์ดและคริส โอ ดอนเนลอีกด้วย ในปี 1985 แอฟเน็ตได้อำนวยการสร้างภาพยนตร์เรื่อง The Burning Bed ที่นำแสดงโดยฟาร์ราห์ ฟอว์เซ็ตต์ และได้รับการเสนอชื่อชิงแปดรางวัลเอ็มมี และเป็นภาพยนตร์ที่แพร่ภาพทางโทรทัศน์ที่มีเรตติ้งสูงสุดเท่าที่เคยออกอากาศทางเอ็นบีซีจนถึงปัจจุบัน แอฟเน็ตได้ร่วมกับจอร์แดน เคอร์เนอร์อำนวยการสร้างภาพยนตร์เรื่อง Less Than Zero, When a Man Loves a Woman, Miami Rhapsody, แฟรนไชส์ Mighty Ducks และ George of the Jungle รวมไปถึง Mama Floras Family ที่สร้างขึ้นจากนิยายโดยอเล็กซ์ ฮาเลย์อีกด้วย
แอฟเน็ตดำรงตำแหน่งประธานคณะกรรมการฝ่ายผู้กำกับที่สถาบันภาพยนตร์อเมริกัน และเขายังเป็นสมาชิกสถาบันศิลปะและวิทยาการภาพยนตร์ สถาบันศิลปะและวิทยาการโทรทัศน์ สมาพันธ์ผู้กำกับแห่งอเมริกา สมาพันธ์มือเขียนบทแห่งอเมริกา สมาพันธ์ผู้อำนวยการสร้างแห่งอเมริกาและสมาพันธ์นักแสดงอีกด้วย นอกเหนือจากนั้น เขายังเป็นหนึ่งในคณะกรรมการดูแลคอลเลจ ออฟ อาร์ตส์ แอนด์ ไซเอนเซสแห่งมหาวิทยาลัยเพนซิลวาเนียอีกด้วย แอฟเน็ตได้มีส่วนร่วมเป็นอาจารย์คนหนึ่งในแล็บผู้กำกับในงานเทศกาลภาพยนตร์ซันแดนซ์และหลักสูตรพี่น้องของมัน อีเมอร์เจนซ์ในฝรั่งเศส นอกจากนี้ เขายังเป็นอาจารย์ตามมหาวิทยาลัยหลายแห่งทั่วโลกอีกด้วย
