จอห์น มาโฮนีย์ ตรึงใจผู้ชมภาพยนตร์ ผู้ชมโทรทัศน์ และผู้ชมละครเวที ด้วยการแสดงอันโดดเด่นของเขาโดยเท่าเทียมกัน เขาเริ่มอาชีพทางการแสดงด้วยการเป็นสมาชิกของโรงละคร สเตปเพนวูล์ฟ เธียเตอร์ ในชิคาโกมาตั้งแต่ปี 1979 และเคยแสดงละครเวทีที่นั่นมาแล้วกว่า 30 เรื่อง อาทิ ที่เพิ่งผ่านตาไปไม่นานอย่าง The Dresser และ I Never Sang for My Father ย้อนกลับไป ก็เช่น แสดงใน The Drawer Boy ให้กับโรงละครสเตปเพนวูล์ฟ แต่กลับได้รับคำชมมหาศาลจากโรงละคร แอ็บบี เธียเตอร์ ในดับลิน รวมไปถึงแสดงใน Long Days Journey into Night ให้โรงละคร ไอริช เรเพอร์โทรี เธียเตอร์ ทั้งที่ชิคาโกและไอร์แลนด์ และแสดงใน The Weir ที่ลอสแองเจลิส ก่อนที่ เดวิด มาเมต จะเลือกเขาไปแสดงในรอบปฐมทัศน์โลกของ The Water Engine ที่โรงละครเซนต์นิโคลัส เธียเตอร์ (กับบทบาทที่ภายหลังเขาต้องแสดงอีกครั้งในฉบับภาพยนตร์โทรทัศน์ทางช่องทีเอ็นที) ผลงานละครเวทีเรื่องอื่น ๆ ยังรวมไปถึงบทบาทในละครบรอดเวย์นอกโรง (off-Broadway) เรื่อง The Subject Was Roses, เรื่อง Uncle Vanya ที่โรงละครกู๊ดแมนในชิคาโก, Death and the Maiden และ Wrong Turn ที่ลังฟิช กระทั่งกลับมาสู่โรงละครสเตปเพนวูล์ฟอีกครั้งใน The Man Who Came To Dinner (กำกับการแสดงโดย เจมส์ เบอร์โรว์ส ซึ่งต่อมานักแสดงทั้งหมดต้องข้ามน้ำข้ามทะเลไปแสดงที่ลอนดอน ในบาร์บิกัน เซ็นเตอร์ และไม่นานนี้ เขาแสดงใน Romance ที่โรงละครอัลเมดา เธียเตอร์ ในลอนดอน และย้อนกลับมาที่บรอดเวย์ในละครเรื่องดัง คือ Prelude to a Kiss
ผลงานทางละครเวที พาเขาไปคว้าทั้งรางวัลโทนี, รางวัลแคลเรนซ์ เดอร์เวนต์ และได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลดราม่าเดสก์จากบท อาร์ตี ชอฟเนซซี ในบรอดเวย์เรื่อง House of Blue Leaves พร้อมด้วยรางวัลกิตติมศักดิ์จากเวทีเธียเตอร์ เวิลด์ อวอร์ด และการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลดราม่าเดสก์เป็นครั้งที่ 2 จากการแสดงเป็น แฮโรลด์ ในบรอดเวย์นอกโรงเรื่อง Orphans ซึ่งเพิ่งจะมอบรางวัลซาราห์ ซิดดอนส์ให้เขาสด ๆ ร้อน ๆ รวมไปถึงได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลสุดยอดปรารถนาอย่าง รางวัลโจเซฟ เจฟเฟอร์สัน ถึง 5 ครั้ง โดย 4 ครั้งเป็นรางวัลสำหรับนักแสดงนำชายใน The Hothouse, Taking Steps, After The Fall และ I Never Sang for My Father และอีกครั้งกับบทบาทสมทบใน Death of a Salesman ของ อาร์เธอร์ มิลเลอร์
เขาได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลเอมมีและลูกโลกทองคำสองครั้ง จากบทสมทบในซีรี่ส์คอเมดี ผลงานร่วมกับ มาร์ติน เครน เรื่อง Frasier อันเป็นบทบาทที่แสดงมาตลอด 11 ปีเต็ม ตราบที่ซีรี่ส์เรื่องนี้ยังอยู่ในผังของช่องเอ็นบีซี นอกจากนี้ เขายังแสดงในภาพยนตร์ทางโทรทัศน์อีกมากมาย ตัวอย่างเช่น The 10 Million Dollar Gateway ทางช่องสาธารณะในอเมริกา, Dinner at Eight ทางช่องทีเอ็นที, The Image ทางช่องเอชบีโอ, มินิซีรี่ส์เรื่อง Favorite Son ทางช่องเอ็นบีซี รวมทั้ง การแสดงใน Will, Listen to Your Heart, The Killing Floor, Through Naked Eyes, First Step และ Dance of the Phoenix และผลงานซีรี่ส์ทางโทรทัศน์อื่น ๆ ได้แก่ H.E.L.P., Lady Blue และ The Human Factor นอกจากนี้ยัง ยังข้ามไปแสดงให้ช่องบีบีซี คือ Two Lumps of Ice และ Buying a Landslide
ภาพยนตร์ที่เขาแสดงเริ่มเป็นที่จับตามองของนักวิจารณ์ในปี 1986 กล่าวคือ มาโฮนีย์ได้รับคำยกย่องมากมายจากการแสดงเป็น ริชาร์ด เดรย์ฟัซซ์ หุ้นส่วนร้านขายแผ่นอลูมิเนียม ใน Tin Man ของผู้กำกับฯ แบร์รี เลวินสัน ต่อมาจึงร่วมงานกับผู้กำกับฯ ฝีมือดีอีกหลายคน เป็นต้นว่า หลังจากรับบทอาจารย์มหาวิทยาลัยขี้เหล้าใน Moonstruck ของผู้กำกับฯ นอร์แมน เจวิสัน การแสดงนั้นก็เข้าตาผู้กำกับฯ ปีเตอร์ เยตส์ จนได้แสดงใน Suspect ผลงานภาพยนตร์อื่น ๆ ยังมี Reality Bites ของ เบน สติลเลอร์, The American President ของ ร็อบ ไรเนอร์, สองเรื่องกับผู้กำกับฯ พี่น้องโคเอน เรื่อง The Hudsucker Proxy และ Barton Fink, The Russia House โดยผู้กำกับฯ เฟร็ด เชพิซี, Frantic ของ โรมัน โปลันสกี, Betrayed ของ คอสตา-กาวราส์, Eight Men Out โดยผู้กำกับฯ จอห์น เซย์เลส, Say Anything โดยผู้กำกับฯ คาเมรอน โครว์, The Manhattan Project ของ มาร์แชล บริกแมน, Streets of Gold โดยผู้กำกับฯ โจ รอธ, Article 99 ของผู้กำกับฯ ฮาเวิร์ด ดัตช์, In The Line of Fire ของ วูล์ฟกัง ปีเตอร์สัน โดยประกบ คลินต์ อีสต์วู้ด, Primal Fear โดยผู้กำกับฯ เกรกอรี ฮอบลิต, Shes the One ของ เอ็ด เบิร์นส์ และการแสดงใน The Broken Hearts Club สำหรับผู้กำกับฯ เกร็ก เบอร์แลนที
ผลงานภาพยนตร์ที่เพิ่งผ่านตา ก็เช่น Almost Salinas โดยผู้กำกับฯ เทอร์รี กรีน ร่วมแสดงกับ ลินซีย์ เคราส์ และ เวอร์จิเนีย แมดเซน รวมไปถึงภาพยนตร์เรื่อง Fathers and Sons ของผู้กำกับฯ โรดริโก การ์เซีย นอกจากนี้ ยังฝากเสียงไว้ในแอนิเมชั่นชื่อดังอย่าง Antz, Iron Giant และ Atlantis: The Lost Empire
