จอน เฮเดอร์ เป็นที่รู้จักดีที่สุดจากการแสดงที่ได้รับเสียงวิจารณ์ชมเชยล้นหลามในบทตัวละครเอกของภาพยนตร์อินดีปี 2004 เรื่อง Napoleon Dynamite ในภาพยนตร์เรื่องนี้ เฮเดอร์รับบทวัยรุ่นผู้แปลกแยกที่ช่วยเหลือเพื่อนใหม่ให้ได้รับตำแหน่งประธานชั้นเรียนในโรงเรียนไฮสคูลเล็ก ๆ แห่งหนึ่ง ไปพร้อม ๆ กับการรับมือครอบครัวที่พิลึกพิลั่นของเขาไปด้วย ภาพยนตร์เรื่อง Napoleon Dynamite เปิดตัวในงานเทศกาลภาพยนตร์ซันแดนซ์ปี 2004 และได้รับการเสนอชื่อชิงรางวัลแกรนด์ จูรี ไพรซ์ หลังจากผ่านสงครามการแย่งชิงสิทธิครั้งใหญ่ ฟ็อกซ์ เสิร์ชไลท์ และเอ็มทีวี ฟิล์มส์ ก็ได้จับมือกันจัดจำหน่ายภาพยนตร์เรื่องนี้ ซึ่งทำรายได้ในประเทศไปกว่า 40 ล้านเหรียญและกลายเป็นดีวีดีขายดี รวมทั้งกลายเป็นปรากฏการณ์ทางป๊อปคัลเจอร์ ในงานเทศกาลศิลปะคอเมดีอเมริกาปี 2004 Napoleon Dynamite ได้รับการยกย่องให้เป็นภาพยนตร์ยอดเยี่ยมและตัวเฮเดอร์เองยังได้รับรางวัลต่าง ๆ อีกหลายรางวัล ในงานประกาศผลรางวัล 2005 เอ็มทีวี มูฟวี อวอร์ดส์ เฮเดอร์ได้รับรางวัลการแสดงมิวสิคัลยอดเยี่ยมจาก "การเต้นเพื่อโปรโมตการเลือกตั้ง" ของเขาและรางวัลดาราชายดาวรุ่ง ภาพยนตร์เรื่องนี้ยังได้รับรางวัลภาพยนตร์ยอดเยี่ยมอีกด้วย
เฮเดอร์มีผลงานคอเมดีจากเรฟโวลูชัน สตูดิโอส์ เรื่อง The Benchwarmers ที่ร่วมแสดงโดยร็อบ ชไนเดอร์ และเดวิด สเปด และ Just Like Heaven ที่ร่วมแสดงโดยรีส วิธเธอร์สปูน และมาร์ค รัฟฟาโล ส่วนผลงานเรื่องอื่น ๆ ของเขาได้แก่ School for Scoundrels ที่กำกับโดยท็อด ฟิลิปส์ และร่วมแสดงโดยบิลลี บ็อบ ธอร์นตัน, Blades of Glory ที่เขาแสดงประกบวิล เฟอร์เรล, Mama's Boy ที่ร่วมแสดงโดยไดแอน คีย์ตัน และอนิเมชันจากโคลัมเบีย พิคเจอร์สเรื่อง Surf's Up
เฮเดอร์ เกิดมาในครอบครัวของพี่น้องหกคน เขาเติบโตขึ้นมาในซาเล็ม, โอเรกอน เฮเดอร์สำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยไบรท์แฮม ยังสาขาอนิเมชันสามมิติ เริ่มต้นศึกษาเบื้องต้นในโปรแกรมภาพยนตร์ศึกษา ขณะเรียนอยู่นั้น เขายังได้แสดงในละครนักศึกษาหลายเรื่องและเป็นตัวเอกในภาพยนตร์ขนาดสั้นที่ได้รับรางวัลเรื่อง Peluca ซึ่งเขียนบทและกำกับโดย เจเร็ด เฮส เจ้าของผลงาน Napoleon Dynamite นั่นเอง
