อาชีพนักแสดงของเคลลี่ แม็คโดนัลด์เริ่มฉายแววความดังหลังจากที่เธอได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัล BAFTA จากบทผู้หญิงที่มีสัมพันธ์ชั่วข้ามคืนกับ ยวน แม็คเกรเกอร์ ในภาพยนตร์เรื่อง Trainspotting ในปี 1996 หลังจากนั้นเธอได้รับบทนำในภาพยนตร์หลายต่อหลายเรื่อง ที่ถือว่าแรงที่สุดก็คือบทโสเภณีวัยรุ่นในภาพยนตร์เรื่อง In Stella Does Tricks เธอยังรับบทเป็นหญิงสาวที่ทำให้แดเนียล เคร็กหลงเสน่ห์ในภาพยนตร์เรื่อง Some Voices และเธอยังมีบทบาทที่โดดเด่นในภาพยนตร์ทริลเลอร์รวมดาราของโรเบิร์ต อัลท์แมน เรื่อง Gosford Park ซึ่งทำให้เธอได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลเอ็มไพร์ สาขาดารานำหญิงยอดเยี่ยม และยังได้รางวัลจากสมาคมนักแสดงร่วมกับทีมนักแสดงทุกคนของภาพยนตร์เรื่องนี้
ผลงานภาพยนตร์เรื่องอื่น ๆ ของเธอ ได้แก่ Cousin Bette, My Life So Far, Elizabeth, The Loss of Sexual Innocence, Splendour, Entropy, House! และ Two Family House ซึ่งแม็คโดนัลด์ได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัล Independent Spirit Award สาขาดารานำหญิงยอดเยี่ยม
