เบนิซิโอ เดล โทโร่ เกิดที่เมืองซานฮวน ประเทศเปอร์โตริโก เป็นลูกคนโตของนายกุสตาโว อดอลโฟ เดล โทโร่ เบอมิวเดซ กับนางฟัสต้า จีโนเวว่า ซันเชซ ริเวร่า บรรพบุรุษเป็นชาวสเปน และอิตาลี พ่อเป็นกุมารแพทย์ สมัยเด็กเดล โทโร่มีชื่อเล่นว่า Skinny Benny หรือ Beno เป็นคนคริสตัง เมื่ออายุได้ 9 ขวบ แม่ของเขาก็เสียชีวิตด้วยโรคตับอักเสบ เมื่ออายุ 13 ปี ก็ย้ายถิ่นฐานมาอยู่ที่เมืองเมอร์เซิร์สเบิร์ก รัฐเพนซิลเวเนีย ประเทศสหรัฐอเมริกา และศึกษาที่โรงเรียนเมอร์เซิร์สเบิร์กจนจบมัธยมปลาย
หลังจากจบการศึกษามัธยมปลาย เขาได้ศึกษาต่อมหาวิทยาลัยแห่งแคลิฟอร์เนีย ที่ซานดิเอโก้ ในสาขาบริหารธุกิจตามคำแนะนำของบิดา แต่ต่อมาเขาได้เรียนการแสดงกับสเตลล่า แอดเลอร์กับอาร์เธอร์ เมนโดซ่าที่ลอสแอนเจลิส และโรงเรียนการแสดงที่นิวยอร์ค
ในปี พ.ศ. 2544 เบนิซิโอ เดล โทโร่ ได้รับรางวัลออสการ์ สาขานักแสดงสมทบชายยอดเยี่ยม จากภาพยนตร์เรื่อง Traffic เป็นนักแสดงคนที่ 4 ที่ได้รับรางวัลออสการ์ในบทบาทที่พูดภาษาอื่นที่ไม่ใช่ภาษาอังกฤษ (ในภาพยนตร์เดล โทโร่รับบทเป็นจาเวียร์ โรดริเกวซ โรดริเกวซ ตำรวจเม็กซิโก ต้องพูดภาษาสเปน) ซึ่งก่อนหน้านี้ 3 คนคือ โซเฟีย โลเรน, โรเบิร์ต เดอ นีโร และโรเบอโต เบนิกนิ ทั้งนี้เดล โทโร่ยังเป็นชาวเปอร์โตริโก้คนที่ 3 ที่ได้รับรางวัลออสการ์ต่อจากโจเซ่ เฟอร์เรอร์และริต้า โมเรโน่ อีก 3 ปีต่อมาเขาได้เข้าชิงรางวัลออสการ์ สาขานักแสดงสมทบชายยอดเยี่ยมอีกครั้งจากภาพยนตร์เรื่อง 21 Grams แต่คนที่ได้ในปีนั้นคือทิม รอบบิ้นส์ จากภาพยนตร์เรื่อง Mystic River
