จอห์น คลีสเริ่ม เข้าสู่วงการแสดงในวงการทีวีของอังกฤษ ด้วยผลงานเรื่อง The Frost Report ในปี 1966 และ 1967 ในช่วงเวลาเดียวกันนั้น เขายังได้ร่วมแสดงในรายการ At Last the 1948 Show ในปี 1969 เขาได้ร่วมสร้างรายการ Monty Python's Flying Circus และในปี 1975 เขาได้สร้างซีรีส์เรื่อง Fawlty Towers
ขณะทำงานกับทีม Python คลีสได้อำนวยการสร้างภาพยนตร์ 4 เรื่อง ได้แก่ And Now For Something Completely Different (1971), Monty Python and the Holy Grail (1974), The Life of Brian (1979) และ The Meaning of Life (1983)
ในปี 1988 เขาแสดงนำและร่วมเขียนบท (ร่วมกับผู้กำกับชาร์ลส์ ไครชตัน) ภาพยนตร์เรื่อง A Fish Called Wanda และได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลลูกโลกทองคำและรางวัลออสการ์สาขาบทภาพยนตร์ยอดเยี่ยม เขายังกลับมาร่วมงานกับทีมงานชุดเดิมอีกครั้งเมื่อสร้างภาพยนตร์เรื่อง Fierce Creatures ในปี 1996
ผลงานเรื่องอื่น ๆ ของเขา ได้แก่ Harry Potter and the Sorcerers Stone และ Harry Potter and the Chamber of Secrets (เขารับบทเป็นนิค หัวเกือบขาด), ภาพยนตร์เจมส์ บอนด์ ตอน The World is Not Enough และ Die Another Day (เขารับบทเป็นคิว), Pinocchio, Charlies Angels: Full Throttle, Man About Town, Valiant, Charlottes Web และ Shrek 2
