จอห์น มัลโควิชเคยได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลออสการ์ สองครั้งจาก Places in the Heart ของโรเบิร์ต เบ็นตั้น ที่แสดงประกบกับแซลลี่ ฟิลด์ ที่คว้ารางวัลออสการ์ ไปครอง กับ In the Line of Fire ของวูล์ฟกัง ปีเตอร์เซ็น
มัลโควิชยังร่วมแสดงใน The Killing Fields ของโลแลนด์ โจ้ฟ, Empire of the Sun ของสตีเว่น สปีลเบิร์ก, Miles from Home กับ Of Mice and Men ของแกรี่ ซีนิส, Dangerous Liaisons ของสตีเฟ่น เฟรียร์, The Sheltering Sky ของเบอร์นาร์โด เบอร์โตลุคชี่, Heart of Darkness ภาพยนตร์ทางโทรทัศน์ของนิโคลาส โร้ก, The Portrait of a Lady ของเจน แคมเปี้ยน, Shadow of the Vampire ของอี เอลเลียส เมอร์ไฮ, Ripleys Game ของลิเลียน่า คาวานี่, Colour Me Kubrick ของไบรอั้น ดับเบิ้ลยู คุก, The Great Buck Howard ของฌอน แม็คกินลี่, Changeling ภาพยนตร์เรื่องใหม่ล่าสุดของคลิ้นต์ อีสต์วู้ด, และ Being John Malkovich ของสไปค์ โจนซ์ที่ส่งให้มัลโควิชได้รับรางวัล Best Supporting Actor จาก New York Film Critics Circle ด้วย
มัลโควิชยังกำกับและอำนวยการสร้างภาพยนตร์เรื่อง The Dancer Upstairs ที่นำแสดงโดยฮาเวียร์ บาร์เด็ม และยังอำนวยการสร้างผลงานผ่านบริษัท Mr. Mudd ของเขาหลายเรื่อง รวมทั้ง Ghost World ของเทอร์รี่ ซวิกอฟ ที่ส่งให้ธอร่า เบิร์ช กับสตีฟ บุชเชมี่ ได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลลูกโลกทองคำ, The Libertine ของลอเร้นซ์ ดันมอร์ ที่นำแสดงโดยจอห์นนี่ เด็ป, และ Juno ภาพยนตร์ฮิตสุด ๆ ของเจสัน รี้ทแมน ที่ได้รับรางวัล Independent Spirit Award สาขา Best Picture และส่งให้บทภาพยนตร์ของไดอาโบล โคดี้คว้ารางวัลออสการ์ สาขา Best Original Screenplay ด้วย
