จอห์น คูแซค เป็นหนึ่งในบรรดานักแสดงที่มีความสามารถหลากหลายของฮอลลีวู้ด เขาได้รับคำวิจารณ์อย่างมากมายสำหรับการแสดงของเขาในบทนักตุ๋นหนุ่มหัวแหลมในภาพยนตร์ของสตีเฟ่น เฟรียร์เรื่อง The Grifters และได้รับรางวัลนักวิจารณ์ในการแสดงของเขาในเรื่อง Eight Men Out, Say Anything และ The Sure Thing เขายังเคยรับบทที่แสดงความระลึกถึงที่สร้างความประทับใจ ในภาพยนตร์ของโรเบิร์ต อัลต์แมนเรื่อง The Player และหนังของทิม ร็อบบินเรื่อง Bob Roberts
คูแซคได้แสดงใน Identity ภาพยนตร์ระทึกขวัญซึ่งกำกับการแสดงโดย เจมส์ แมนโกลด์ และร่วมแสดงโดย อาแมนด้า พีต, อัลเฟรด โมลิน่า และ เรย์ ลิออตต้า คูแซคได้แสดงในภาพยนตร์ของ Lion's Gate เรื่อง Max ซึ่งกำกับการแสดงโดย เมนโน่ เมย์เจส คูแซคได้รับบทเป็น แม๊กซ์ ร็อธแมน เจ้าของแกลเลอรี่ชื่อดัง ซึ่งได้พบกับเพื่อนทหารผ่านศึกสงครามที่อยากจะเป็นจิตรกร - อดอล์ฟ ฮิตเลอร์ ในปี 1918 ที่มิวนิคและสนับสนุนให้เขาได้วาดภาพ คูแซคยังได้เป็นผู้อำนวยการสร้างให้ภาพยนตร์เรื่องนี้ซึ่งได้ออกฉายรอบปฐมทัศน์เมื่อปี 2002 ที่ Toronto Film Festival ก่อนหน้านี้ คูแซคได้แสดงคู่กับ เคธ แบ็คคินสเดน ในภาพยนตร์โรแมนติคคอมเมดี้เรื่อง Serendipity กำกับการแสดงโดย ปีเตอร์ เชลซัม และเรื่อง America's Sweethearts ร่วมแสดงโดย จูเลีย โรเบิร์ตส, แคทธรีน ซีต้า โจนส์ และบิลลี่ คริสตัล นอกเหนือจากนั้นยังแสดงในภาพยนตร์ที่ได้รับคำชื่นชมจากนักวิจารณ์ของนิค ฮอร์นบี้เรื่อง High Fidelity คูแซคได้ร่วมอำนวยการสร้างในภาพยนตร์และร่วมเขียนบทกับหุ้นส่วนที่ New Crime สตีฟ พิงค์ และ ดี.วี. เดอวิเซนติส
ในปี 1999 คูแซคได้แสดงในภาพยนตร์ที่ได้รับคำยกย่องจากนักวิจารณ์เรื่อง Being John Malkovich ซึ่งร่วมแสดงโดย แคทรีน คีนเนอร์ และคาเมรอน ดิแอซ โดยที่มัลโกวิชรับบทโดยตัวเขาเองในภาพยนตร์ซึ่งกำกับการแสดงโดย สไปค์ โจนส์ การแสดงของคูแซคได้ถูกเสนอเข้าชิงรางวัล Independent Spirit Award ในสาขา Best Actor ในปีนั้นคูแซคยังได้ร่วมแสดงใน Cradle Will Rock ดราม่าชุดที่เขียนและกำกับฯ โดยทิม ร็อบบินส์ คูแซคได้รับบทเป็น เนลสัน ร็อกกีเฟลเลอร์ ซึ่งมีนักแสดงได้แก่ เอมมิลี่ วัตสัน, แครี่ เอลเวส, แองกัส แม๊กเฟดเดน, ซูซาน ซาแรนดอน, แฮงก์ อาซาเรีย, จอห์น เทเทอโร, รูเบ็น เบลดส์ และวาเนสซ่า เรดเกรฟ เขายังได้แสดงกับบิลลี่ ธอร์นตัน, แองเจลิน่า โจลี่ และเคต บลันเช็ต ในหนังคอมเมดี้ของ ไมค์ นีเวลล์เรื่อง Pushing Tin เขาได้รับบทนำในเรื่อง The Jack Bull ภาพยนตร์วัฒนธรรมตะวันตกเขียนบทโดยพ่อของเขา ดิก คูแซคทาง HBO นอกเหนือจากการแสดงในภาพยนตร์ คูแซคได้เป็นผู้อำนวยการบริหารร่วมกับสตีฟ พิงค์และ ดี.วี. เดอวิเซนติส ภายใต้ชื่อบริษัท New Crime Productions ของพวกเขา จอห์นรับบทพ่อค้าม้าจากไวโอมิงที่โกงเพื่อนหลังจากที่ได้ยึดม้าสองตัวและ Crow Indian คนที่เป็นผู้ดูแลพวกมัน
ในปี 1998 คูแซคได้ร่วมทำงานในภาพยนตร์ของผู้กำกับฯ เทอเรนซ์ มาลิค ในมหากาพย์การต่อสู้สงครามโลกครั้งที่สอง เรื่อง The Thin Red Line นักแสดงทั้งหมดนั้นได้แก่ จอร์จ คลูนีย์, วู้ดดี้ แฮร์เรลสัน, นิค นอลเต้, แกร์รี่ โอล์ดแมน, ฌอน เพนน์, บิล พูลแมน และจอห์น ทราโวต้า
ในปี 1997 คูแซคร่วมแสดงกับโจแอน คูแซค, แดน ไอครอยด์ และมินนี ไดรเวอร์ ในภาพยนตร์เรื่อง Grosse Point Blank และเขาได้รับคำวิจารณ์ท่วมท้นจากงานคอมเมดี้ที่เขาได้อำนวยการสร้างและร่วมเขียนบท ซึ่งนับเป็นหนังเรื่องแรกที่ถูกสร้างโดยบริษัทของเขา ภายใต้ชื่อ New Crime Productions
ปีเดียวกันนั้น คูแซคได้แสดงกับนิโคลัส เคจ, จอห์น มัลโควิช และสตีฟ บัสเซมี ในภาพยนตร์เรื่องดัง Con Air กำกับการแสดงโดยไซมอน เวสท์ รวมทั้ง Midnight in the Garden of Good and Evil ซึ่งร่วมแสดงโดย เควิน สเปซีย์ และกำกับฯ โดยคลินท์ อีสท์วู้ด นอกจากนั้นคูแซคยังได้ให้เสียงพากย์ในภาพยนตร์แอนิเมชั่นเรื่องยาว Anastasia ซึ่งร่วมให้เสียงโดยเม็ก ไรอัน, คริสโตเฟอร์ ลอยด์ และเคลซี แกรมเมอร์
คูแซคยังได้ร่วมแสดงในหนังของแฮโรลด์ แบคเกอร์ เรื่อง City Hall และ ในหนังอีกสองเรื่องของวู้ดดี้ อัลเลน ในเรื่อง Bullets Over Broadway กับแชส พัลมินเทียรี่ และ Shadows and Fog ผลงานภาพยนตร์เรื่องอื่นๆ ของเขา ได้แก่ Tapeheads, Fat Man and Little Boy, Map of the Human Heart, Postcards from the Edge, True Colors, Money for Nothing และ Road to Wellville
นอกจากผลงานภาพยนตร์ของเขา คูแซคยังได้ก่อตั้ง New Crime Theater Company ซึ่งตั้งอยู่ในชิคาโก้ และนับเป็นคณะละครชั้นนำแนวหน้าในอันดับถัดจาก The Steppenwolf Company เขายังได้กำกับละครอีกสี่เรื่อง รวมถึงเรื่อง Alagazam... After the Dog Years และ Methusalem ซึ่งทำให้เขาได้รับ Jeff Citation for Best Director จาก Joseph Jefferson Awards ที่โด่งดังของชิคาโก้ ละครเรื่องนี้ยังได้รับรางวัล Best Original Music และ Best Costume Design เขายังเป็นผู้กำกับฯงานของฮันเตอร์ เอส ทอมสัน เรื่อง Fear and Loathing in Las Vegas
คูแซคร่วมกับหุ้นส่วน และนักเขียนบทคนใหม่ของ New Crime Productions สตีฟ พิงค์ และ ดี.วี. เดอวินเซนติส กำลังเจรจากับ New Line Cinema เพื่อดำเนินงาน เขียนบท และสร้างภาพยนตร์หลายเรื่อง ซึ่งบางเรื่องคูแซคจะร่วมแสดงด้วย
