เจน่า มาโลน ปรากฏให้เห็นในภาพยนตร์แนวดราม่าเกี่ยวกับสงครามโลกที่ได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัล Oscar® เรื่อง The Messenger, โดยมี วูดดี้ แฮร์เรลสัน และเบ็น ฟอสเตอร์ ทำหน้าที่ผู้เขียน / ผู้กำกับร่วมกับ โอเร็น โมเวอร์แมน เธอแสดงร่วมกับ โรเบิร์ต ดาวนีย์ จูเนียร์ และเจมี่ ฟ็อกซ์ ในภาพยนตร์เรื่อง The Soloist รวมถึงภาพยนตร์แนวดราม่า เรื่อง For Ellen แสดงร่วมกับ พอล ดาโน่ และ จอน ฮีเดอร์, เรื่อง The Wait ที่แสดงร่วมกับ โคลอี้ เซวิกนี่ และลุค กริมส์ และภาพยนตร์ของแบรดลีย์ รัสต์ เกรย์ เรื่อง Jack and Diane
ก่อนหน้านี้มาโลนปรากฏตัวให้เห็นในภาพยนตร์แนวดราม่าที่ได้รับการชมเชย เรื่อง Into the Wild แสดงร่วมกับ อีมิล เฮิร์ช และมาร์เซีย เกย์ ฮาร์เด็น สร้างขึ้นจากหนังสือขายดีของจอห์น เครเกอร์ และกำกับโดย ฌอน เพ็นน์ เธอยังแสดงในภาพยนตร์ระทึกขวัญ เรื่อง The Ruins ที่เกี่ยวกับวันหยุดของชาวแม็กซิกันที่โหดร้ายของเพื่อนกลุ่มหนึ่ง และในภาพยนตร์แนวอินดี้ เรื่อง The Go-Getter นำแสดงโดย โซอี้ เดสชาแนล และลู เทย์เลอร์ พุคชี่
ครั้งแรกเธอรับบทแสดงเป็นหญิงสาวที่ถูกทารุณทางเพศ ในภาพยนตร์เรื่อง Bastard out of Carolina กำกับโดย แอนเจลิก้า ฮัสตัน ทำให้มาโลนได้รับรางวัล Young Artist Award ถึง 3 รางวัล พร้อมด้วยการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลสาขานักแสดงนำหญิงยอดเยี่ยมของมินิซีรี่ส์ด้วยรางวัล Screen Actors Guild® และรางวัลสาขาการแสดงครั้งแรกยอดเยี่ยมที่งาน Independent Spirit Awards เธอได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลครั้งที่ 2 ต่อมาในสาขานักแสดงสมทบหญิงยอดเยี่ยมที่งาน Blockbuster Entertainment Awards และในปี 1998 เธอได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัล Golden Globe เป็นครั้งแรกสำหรับผลงานของเธอในภาพยนตร์ทางทีวี เรื่อง Hope ที่แสดงร่วมกับคริสติน ลาห์ติ กำกับโดย โกลดี้ ฮอว์น
ผลงานการแสดงอื่น ๆ ของเธอที่มีชื่อเสียง ยังรวมถึง Pride & Prejudice, The Ballad of Jack and Rose, The Badge, Cheaters, Book of Stars, Origins of Evil, The Ballad of Lucy Whipple และ Hidden in America
มาโลนแสดงครั้งแรกที่บรอดเวย์ ในการแสดงที่ได้รับรางวัล Tony Award และ Pulitizer Prize ที่มีชื่อว่า Doubt อีกทั้งเธอยังเป็นนักดนตรีและนักประพันธ์ดนตรีที่มีชื่อเสียงอีกด้วย
