โจแอน อัลเลนที่เคยได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลออสการ์มาแล้ว 3 ครั้ง คือหนึ่งในนักแสดงหญิงที่มีงานยุ่งที่สุด อัลเลนร่วมแสดงอยู่ในภาพยนตร์ภาคต่อโกยเงิน ที่เธอยังคงกลับมารับบท พาเมล่า แลนดี้ ในภาพยนตร์เรื่อง The Bourne Ultimatum โดยประกบบทกับแม็ตต์ เดม่อน ส่วนในปี 2007 เธอยังร่วมแสดงกับเจสซิก้า แลงก์ และเคธี่ เบ็ตส์ ในภาพยนตร์เรื่อง Bonneville ก่อนหน้านั้นเธอร่วมแสดงในภาพยนตร์รักสมัยใหม่เรื่อง Yes
ในปี 2005 อัลเลนได้ประกบบทกับเควิน คอสต์เนอร์ ในภาพยนตร์เรื่อง The Upside of Anger และเธอยังร่วมแสดงในภาพยนตร์เรื่อง Off the Map ที่กำกับโดยแคมป์เบลล์ สก็อตต์ ส่วนในปี 2004 เธอร่วมแสดงในภาพยนตร์บล็อกบัสเตอร์เรื่อง The Bourne Supremacy และในภาพยนตร์รักเรื่อง The Notebook อัลเลนยังแสดงนำในภาพยนตร์ใหม่เรื่อง Hachiko: A Dogs Story ที่เธอร่วมแสดงกับริชาร์ด เกียร์
อัลเลนยังแสดงนำในภาพยนตร์เรื่อง The Contender, for which she was nominated for a Golden Globe Award, a SAG Award, an Independent Spirit Award and an Academy Award® for Best Actress
อัลเลนร่วมแสดงในภาพยนตร์เรื่อง Pleasantville ซึ่งเธอประกบบทกับวิลเลี่ยม เอช เมซี่ย์ และเจฟฟ์ แดเนียลส์ เธอยังได้รับทั้งคำชมและรางวัลจากการประกบบทกับจอห์น ทราโวลต้า และนิโคลัส เคจ ในภาพยนตร์ฮิตเรื่อง Face/Off และร่วมแสดงกับเควิน ไคลน์ และซีกอร์นี่ย์ วีเวอร์ ในภาพยนตร์เรื่อง The Ice Storm ในปี 1996 อัลเลนแสดงนำในภาพยนตร์ของโอลิเวอร์ สโตน เรื่อง Nixon ซึ่งทำให้เธอได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลออสการ์สาขาดาราสมทบหญิงยอดเยี่ยม เธอได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลออสการ์เป็นครั้งที่ 2 ในปี 1997 จากภาพยนตร์ของอาร์เธอร์ มิลเลอร์ เรื่อง The Crucible
นอกจากนี้ อัลเลนยังร่วมแสดงในภาพยนตร์เรื่อง Compromising Positions, Peggy Sue Got Married, Manhunter, Tucker: The Man and His Dream, Ethan Frome, Josh and S.A.M., In Country, Searching for Bobby Fischer, Mad Love, All the Rage และ When the Sky Falls
