เฮย์เดน คริสเตนเซ่น กลายเป็นนักแสดงระดับโลกเมื่อจอร์จ ลูคัส เลือกเขามารับบท อนาคิน สกายวอล์เกอร์ ในภาพยนตร์มหากาพย์บล็อกบัสเตอร์ Star Wars Episode II: Attack the the Clones แต่การแสดงซึ่งเป็นที่กล่าวขานของนักวิจารณ์กลับเป็นบทเด็กใจแตกในดราม่าของ เออร์วิน วิงเคลอร์ เรื่อง Life as a House พร้อมกันนี้ก็คว้ารางวัลสุดยอดการแสดงแห่งปีจาก National Broad of Review และได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลบนเวที Screen Actors Guild Award รวมถึงลูกโลกทองคำจากการแสดงครั้งนี้ด้วย
คริสเตนเซ่นเคยผ่านการแสดงใน Factory Girl ประกบเซียนนา มิลเลอร์ และจิมมี ฟอลลอน ก่อนแสดงใน Guilty Pleasures ซึ่งภาพยนตร์ทั้งสองเป็นของ The Weinstein Company อีกทั้งเขาเคยแสดงใน Star Wars Episode III: Revenge of the Sith ซึ่งถล่มบ็อกซ์ออฟฟิศมาแล้วทั่วโลก รวมถึงรับบทนักข่าวตัวร้าย สตีเฟน กลาสส์ ใน Shattered Glass ภาพยนตร์เรื่องแรกของ Forest Park Pictures (บริษัทสร้างภาพยนตร์ของคริสเตนเซ่นเอง) โดยความร่วมมือ ของ Cruise/Wagner Productions, Baumgarten/Merims Productions และ Lions Gate Films
คริสเตนเซ่นเข้าสู่โลกการแสดงในแบบไม่ธรรมดา โดยโยงไปถึงพี่สาวของเขาซึ่งเป็นแชมป์แทรมโปลีนยุวชนระดับโลกกับงานโฆษณามันฝรั่งพริงเกิลส์ เขาจำได้ว่า "ตอนที่พี่เข้าไปคุยเรื่องโฆษณา ผมอยู่คนเดียว ไม่รู้จะทำอะไร ก็เลยขี่รถเล่นอยู่แถวนั้น" ตัวแทนโฆษณาเห็นเข้าจึงจับเซ็นสัญญาร่วมกับพี่สาว และนั่นคือการแสดงครั้งแรกของเขาเมื่ออายุ 7 ขวบ กระทั่งแสดงเรื่อยมาในละครโซพโอเปร่า ซึ่งออกอากาศเป็นประจำทางโทรทัศน์ในแคนาดา เรื่อง Family Passions ตั้งแต่อายุยังไม่ครบ 12
นอกจากนี้ เขายังแสดงในซีรี่ส์สำหรับครอบครัวทางช่องฟ็อกซ์แฟมิลี่ เรื่อง Higher Ground รวมถึงมีบทบาทอยู่ในภาพยนตร์เปิดตัวผลงานกำกับฯ ของโซเฟีย คอปโปลา เรื่อง The Virgin Suicides และผลงานภาพยนตร์อื่น ๆ เช่น All I Wanna Do โดยผู้กำกับฯ แซราห์ เคอร์โนแชน และ In the Mouth of Madness โดยผู้กำกับฯ จอห์น คาร์เพนเทอร์