ตลอดระยะเวลาหลายปีที่ผ่านมา เอมิลี วัตสัน กลายเป็นนักแสดงที่โด่งดังที่สุดคนหนึ่งในวงการบันเทิงอย่างรวดเร็ว เธอกลายเป็นที่สนใจของผู้ชมทั่วโลกเป็นครั้งแรกจากการแสดงอันน่าจดจำของเธอในบทเบส ในภาพยนตร์ของลาร์ ฟอน เทรียร์เรื่อง Breaking the Waves ซึ่งเป็นผลงานภาพยนตร์เรื่องแรกของเธอ การแสดงอันน่าประทับใจของเธอทำให้เธอได้รับการเสนอชื่อชิงทั้งออสการ์และลูกโลกทองคำ และได้รับรางวัลสมาพันธ์นักวิจารณ์ภาพยนตร์นิวยอร์กและรางวัลเฟลิกซ์ อวอร์ดสาขานักแสดงนำหญิงยอดเยี่ยม และได้รับรางวัลสมาพันธ์นักวิจารณ์ภาพยนตร์ลอนดอนสาขานักแสดงหน้าใหม่แห่งปีในปี 1997
เธอได้รับการเสนอชื่อชิงรางวัลออสการ์และลูกโลกทองคำเป็นครั้งที่สอง อีกทั้งยังได้รับการเสนอชื่อชิงรางวัลแซ็ก อวอร์ดและรางวัลบาฟตา สาขานักแสดงนำหญิงยอดเยี่ยมในปี 1999 จากการแสดงที่ติดตรึงใจของเธอในบทแจ็คกีจากภาพยนตร์โดยอ็อคโตเบอร์ ฟิล์มส์เรื่อง Hilary and Jackie ภาพยนตร์เรื่องนี้เป็นเรื่องราวโศกสลดของนักเล่นเซลโลคลาสสิก แจ็คเกอลีน ดู พรี กำกับโดยแอนนานด์ ทัคเกอร์
แกรนท์ เมื่อเร็วๆ นี้ เธอยังเพิ่งแสดงภาพยนตร์เรื่อง The Preposition ประกบกาย เพียร์ซ, เลียม นีสันและจอห์น เฮิร์ต, Tim Burtons Corpse Bride และ Separate Lies ที่กำกับโดยจูเลียน เฟลโลว์ส (Gosford Park) หลังจากนี้ เธอจะมีผลงานเรื่อง Synecdoche, New York ให้กับผู้กำกับ/มือเขียนบท ชาร์ลี คอฟแมน และใน Fireflies in the Garden ประกบจูเลีย โรเบิร์ตส์ ปัจจุบัน วัตสันกำลังถ่ายทำภาพยนตร์ที่แพร่ภาพทางไลฟ์ไทม์เรื่อง The Memory Keepers Daughter ที่เธอแสดงประกบเดอร์มอต มัลโรนีย์
วัตสันได้รับการเสนอชื่อชิงรางวัลลูกโลกทองคำสำหรับบทแอนน์ เซลเลอร์ส ในภาพยนตร์ที่ได้รับเสียงวิจารณ์ชมเชยเรื่อง The Life and Death of Peter Sellersตลอดระยะเวลาหลายปีมานี้ วัตสันได้แสดงภาพยนตร์ชื่อดังหลายเรื่อง ซึ่งรวมถึงโรแมนติกคอเมดีออฟบีตของพอล โธมัส แอนเดอร์สันเรื่อง Punch-Drunk Love ซึ่งเธอร่วมแสดงกับอดัม แซนด์เลอร์, Red Dragon พรีเควลของ Silence of the Lambs ที่กำกับโดยเบรท แรทเนอร์และร่วมแสดงโดยเอ็ดเวิร์ด นอร์ตัน, ราล์ฟ ไฟน์ และเซอร์แอนโธนี ฮ็อปกินส์, Gosford Park ของผู้กำกับโรเบิร์ต อัลท์แมน, Cradle Will Rock ของทิม ร็อบบินส์, บทตัวเอกของ Angelas Ashes ของอลัน ปาร์คเกอร์ ซึ่งดัดแปลงจากอนุทินรางวัลพูลิทเซอร์ของแฟรงค์ แม็คคอร์ทและภาพยนตร์ของอลัน รูดอล์ฟเรื่อง Trixie ซึ่งเธอร่วมแสดงกับนิค โนลเต เธอยังได้ร่วมแสดงกับจอห์น เทอร์ทูโรในภาพยนตร์เรื่อง The Luzhin Defense ที่กำกับโดยมาร์ลีน กอร์ริส และสร้างขึ้นจากนิยายของโนโบคอฟ ได้แสดงภาพยนตร์เรื่อง The Boxer ร่วมกับแดเนียล เดย์-ลูอิส และแสดงภาพยนตร์เรื่อง Metroland ซึ่งสร้างขึ้นจากนิยายของจูเลียน บาร์นส์ ร่วมกับคริสเตียน เบลอีกด้วย
ด้านจอแก้ว วัตสันรับบทแม็กกี ทัลลิเวอร์ในผลงานสร้างของบีบีซี มาสเตอร์พีซ เธียเตอร์จากละครของจอร์จ เอเลียตเรื่อง The Mill on the Floss
วัตสันเป็นนักแสดงที่คร่ำหวอดบนเวทีละครลอนดอน ผลงานละครเวทีของเธอได้แก่ Three Sisters, The Children’s Hour (ที่โรงละครรอยัล เนชันแนล เธียเตอร์) และ The Lady from the Sea ในฤดูใบไม้ร่วงปี 2002 วัตสันได้แสดงละครเรื่อง Uncle Vanya (ในบทซอนยา) และ Twelfth Night (ในบทไวโอลา) ที่กำกับโดยแซม เมนเดส (American Beauty, The Road to Perdition) ผู้กำกับเจ้าของรางวัลอคาเดมี อวอร์ด ที่โรงละครดอนมาร์ แวร์เฮาส์ เธียเตอร์ ละครชื่อดังทั้งสองเรื่องนี้ยังจัดแสดงแบบจำกัดรอบที่บรูคลิน อคาเดมี ออฟ มิวสิคในนิวยอร์ก ซิตีอีกด้วย นอกจากนี้ เธอยังได้ร่วมแสดงกับคณะรอยัล เชคสเปียร์ คัมปะนีในละครหลายเรื่อง เช่น Jovial Crew, The Taming of the Shrew, All’s Well That Ends Well และ The Changeling วัตสันอาศัยอยู่ในลอนดอนกับแจ็ค วอเตอร์ส สามีของเธอ
