เจค็อบ วาร์กัส เริ่มงานแสดงด้วยการรับบทเล็ก ๆ เป็นนักเต้นเบรกแดนซ์ ในผลงานทางทีวียอดฮิตอย่าง Diff'rent Strokes นับแต่นั้นเป็นต้นมา เขาได้สร้างประวัติผลงานอันน่าประทับใจทั้งในบทแนวตลกและแนวดราม่า ในปี 1995 เขาได้รับรางวัล ALMA (รางวัลศิลปินแจ้งเกิดแห่งปี) ตัวแรกจากผลงานภาพยนตร์ของ อัลลิสัน แอนเดอร์ส เรื่อง Mi vida loca และภาพยนตร์ของเกรกอรี่ นาวา เรื่อง My Family
ต่อมาเขาได้ร่วมแสดงในภาพยนตร์มากมายหลายเรื่องด้วยกัน อาทิเช่น Selena, Get Shorty, American Me, Romy and Michele's High School Reunion และภาพยนตร์คัลท์ยอดนิยมอย่าง Next Friday โดยเขารับบทเป็น โจ๊กเกอร์ คู่ปรับของไอซ์ คู้บ ต่อมา เขาฉายแววด้วยการรับบท มาโนโล่ คู่หูของเบนิซิโอ เดล โทโร่ ในภาพยนตร์รางวัลออสการ์ของสตีเว่น โซเดอร์เบิร์ก เรื่อง Traffic ซึ่งทำให้เขาคว้ารางวัลจากสมาคมนักแสดง และรางวัล ALMA
วาร์กัสยังทำให้คนดูหัวเราะงอหายมาแล้ว จากการรับบทแซมมี่ พ่อครัวในภาพยนตร์ของจอห์น มัวร์ เรื่อง Flight of the Phoenix, รับบทเป็น ฮวน คอร์เตซ ในภาพยนตร์ดราม่าเกี่ยวกับสงครามของผู้กำกับ แซม เมนเดส เรื่อง Jarhead และเป็นหนึ่งในกลุ่มนักแสดงชื่อดังในภาพยนตร์ดราม่าแนวประวัติศาสตร์ของ เอมิลิโอ เอสเตเวซ เรื่อง Bobby
